Anx-XVIII : Autocontrôles analytiques
Annexe XVIII : Les autocontrôles analytiques dans le cadre de la gestion des alertes
De nombreuses alertes ont pour point de départ un résultat d’autocontrôle analytique non conforme. De même, la gestion de la plupart des alertes repose en partie sur l’exploitation des résultats d’autocontrôles analytiques[1] disponibles.
Pour une gestion optimale des alertes, il est donc indispensable que les exploitants s’assurent que leurs autocontrôles analytiques sont réalisés dans le respect des bonnes pratiques reconnues[2]. Il convient également que les exploitants prennent en compte les limites d’interprétation des résultats analytiques obtenus. Par ailleurs, le choix des actions correctives adaptées lors d’alertes ne saurait reposer uniquement sur des résultats d’analyses.
La présente annexe décrit certaines bonnes pratiques attendues dans le cadre des autocontrôles analytiques ainsi que les limites du recours aux analyses dans le cadre de la gestion des alertes.
Bases réglementaires
Principaux règlements s’appliquant dans le cadre des autocontrôles analytiques :
Règlement (CE) n°2073/2005 de la Commission du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires ;
Règlement (CE) n°1881/2006 de la Commission du 19 décembre 2006 portant fixation de teneurs maximales pour certains contaminants dans les denrées alimentaires ;
Règlement (CE) n°396/2005 du Parlement européen et du Conseil du 23 février 2005 concernant les limites maximales applicables aux résidus de pesticides présents dans ou sur les denrées alimentaires et les aliments pour animaux d'origine végétale et animale et modifiant la directive 91/414/CEE du Conseil ;
Règlement (CE) n°1935/2004 du Parlement européen et du Conseil du 27 octobre 2004 concernant les matériaux et objets destinés à entrer en contact avec des denrées alimentaires et abrogeant les directives 80/590/CEE et 89/109/CEE ;
Règlement (CE) n°333/2007 de la Commission du 28 mars 2007 portant fixation des modes de prélèvement d'échantillons et des méthodes d'analyse pour le contrôle des teneurs en éléments traces et en contaminants issus de procédés de transformation dans les denrées alimentaires ;
Règlement (UE) n°2017/644 de la Commission du 5 avril 2017 portant fixation des méthodes de prélèvement et d'analyse d'échantillons à utiliser pour le contrôle des teneurs en dioxines, en PCB de type dioxine et en PCB autres que ceux de type dioxine de certaines denrées alimentaires et abrogeant le règlement (UE) no 589/2014 ;
Article R. 202-21-2 du code rural et de la pêche maritime ;
Article L. 202-3 du code rural et de la pêche maritime ;
Décret n°2019-332 du 17 avril 2019 relatif aux conditions de mise en œuvre des analyses d'autocontrôle dans les secteurs alimentaires, des sous-produits animaux et de l'alimentation animale.
Bonnes pratiques de prélèvement et d’analyse pour la réalisation des autocontrôles (liste non exhaustive) : règlements dont l’application obligatoire est limitée aux contrôles officiels
Règlement (CE) n°401/2006 de la Commission du 23 février 2006 modifié portant fixation des modes de prélèvement d'échantillons et des méthodes d'analyse pour le contrôle officiel des teneurs en mycotoxines des denrées alimentaires ;
Règlement (CE) n°1882/2006 de la Commission du 19 décembre 2006 portant fixation des méthodes de prélèvement et d'analyse d'échantillons utilisées pour le contrôle officiel des teneurs en nitrates de certaines denrées alimentaires ;
Règlement (UE) n°2015/705 de la Commission du 30 avril 2015 portant fixation des modes de prélèvement d'échantillons et des critères de performance des méthodes d'analyse pour le contrôle officiel des teneurs en acide érucique dans les denrées alimentaires et abrogeant la directive 80/891/CEE de la Commission ;
Directive 2002/63/CE de la Commission du 11 juillet 2002 fixant des méthodes communautaires de prélèvement d’échantillons pour le contrôle officiel des résidus de pesticides sur et dans les produits d’origine végétale et animale et abrogeant la directive 79/700/CEE ;
Décision 2002/657/CE de la Commission du 12 août 2002 portant modalités d'application de la directive 96/23/CE du Conseil en ce qui concerne les performances des méthodes d'analyse et l'interprétation des résultats.
Bases scientifiques, ressources reconnues
Liste non exhaustive
Saisine n°2007-SA-0174 - Avis de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments concernant les références applicables aux denrées alimentaires en tant que critères indicateurs d'hygiène des procédés.
Listes des méthodes certifiées AFNOR : https://nf-validation.afnor.org/domaine-agroalimentaire/.
Site COFRAC : https://www.cofrac.fr/ (la recherche « Rechercher un organisme accrédité » en bas à gauche de la page principale permet de rechercher les laboratoires accrédités pour l’analyse souhaitée).
Directives générales sur l’échantillonnage CAC/GL 50-2004 du Codex Alimentarius, notamment page 41, cote 1-9.
Objectifs des autocontrôles analytiques dans le cadre de la surveillance régulière
La surveillance analytique, notamment pour la maîtrise des points critiques (CCP), est une obligation qui concourt à la sécurité sanitaire des denrées alimentaires.
Il importe que la surveillance soit réalisée correctement, en termes de ciblage, de performances analytiques et d’optimisation de l’échantillonnage malgré les contraintes (coût, quantité de produits, etc.)[3].
Il est aussi recommandé d’aller aussi loin que nécessaire dans la caractérisation d’un pathogène lorsque c’est nécessaire pour établir s’il s’agit d’un danger faisant l’objet d’un critère de sécurité ou pas.
Exemples : en cas de détection de Listeria spp, il est nécessaire d’aller jusqu’à l’identification de l’espèce, L. monocytogenes. Lors de la mise en évidence de salmonelles sur de la viande fraiche de volaille, il convient de sérotyper la souche isolée pour savoir s’il s’agit ou non de Salmonella Typhimurium ou de Salmonella Enteritidis puisque ce sont les deux seuls sérotypes faisant l’objet d’un critère de sécurité pour les viandes fraiches de volailles.
Pour certains pathogènes, la caractérisation peut aussi être utile pour analyser la situation et rechercher les causes.
Exemple : le génotypage de Listeria monocytogenes permet d’explorer la proximité des souches trouvées dans un produit avec leurs sources possibles. Le génotypage de Staphylococcus aureus isolés lors de TIAC à entérotoxines staphylococciques peut permettre d’établir la capacité des souches trouvées à produire des toxines.
Les modalités de réalisation des autocontrôles analytiques doivent être réfléchies avant la réalisation des autocontrôles. Pour les contrôles réguliers, elles doivent être définies dans les procédures de l’établissement.
Exemple : la représentativité de l’échantillonnage est déterminante pour l’évaluation des dangers chimiques faisant l’objet de teneurs maximales fixées par la réglementation.
Dans tous les cas, l’interprétation des résultats sera guidée par un objectif prioritaire de sécurité.
Conséquences pratiques :
Lorsqu’un exploitant obtient un résultat d’autocontrôle conforme mais qu’il est avéré que cet autocontrôle a été mal réalisé (échantillonnage non représentatif, méthode non reconnue, etc.), alors ce résultat d’autocontrôle conforme ne peut pas être pris en compte dans la gestion de l’alerte.
Lorsqu’un exploitant obtient le résultat d’une analyse dont il est le demandeur, que ce résultat est non conforme, et qu’il est avéré que cet autocontrôle a été mal réalisé (échantillonnage non représentatif, méthode non reconnue, etc.), il doit néanmoins le considérer comme non conforme et agir en conséquence (retrait/rappel, notification à l’administration etc.), sauf erreur avérée et documentée qui explique pleinement le résultat non conforme obtenu.
Lorsque que le résultat non conforme porte sur une analyse qui a été objectivement réalisée dans de mauvaises conditions par un exploitant, et que ce dernier suspecte que la non-conformité est survenue en amont de son établissement, il en informe son fournisseur. L’ensemble du lot fournisseur dont est issu le produit qui a fait l’objet de l’analyse par le client ne sera pas nécessairement considéré comme non conforme. Des investigations complémentaires sont nécessaires afin d’évaluer la situation (cf. article 14, paragraphe 6 du règlement (CE) n°178/2002) qui pourra, le cas échéant, permettre de restreindre le périmètre de l’alerte.
Objectifs des analyses dans le cadre de la gestion des alertes
Étant donné les limites des prélèvements pour analyses décrites ci-dessous, et en particulier des limites statistiques des plans d’échantillonnage en industrie agro-alimentaire, les analyses chimiques et microbiologiques doivent être considérées comme un outil de vérification parmi d’autres (tels que des contrôles dimensionnels de sertis, contrôles visuels du nettoyage-désinfection etc.).
En particulier, les résultats d’analyses microbiologiques ne doivent pas constituer à eux seuls une condition suffisante pour garantir la conformité sanitaire d’une denrée alimentaire : ils doivent être confortés par une analyse de la situation favorable et étayée.
Ainsi, dans le cadre d’une alerte, sauf exceptions[4], la libération de lots bloqués ou la décision de ne pas retirer/rappeler certains lots ne peut se justifier uniquement par l’obtention de résultats d’autocontrôles analytiques conformes pour lesdits lots. En effet, ces résultats ne peuvent que venir conforter une analyse de la situation favorable.
Exemples : lesdits lots ont été produits avant l’apparition du « phénomène contaminant », ce qui nécessite d’avoir identifié un élément causal, ou bien lesdits lots ont été produits après la mise en œuvre d’actions correctives, ou encore lesdits lots n’ont pas été exposés à l’élément contaminant à l’origine de l’alerte, etc.
Les résultats d’analyses favorables viennent alors simplement conforter l’analyse de la situation, à l’instar par exemple d’autocontrôles visuels de « nettoyage-désinfection » favorables pour les périodes de fabrication des produits.
Limites des prélèvements pour analyses
Limite de l’échantillonnage
L’échantillonnage est la première étape du prélèvement pour analyse.
La façon de réaliser le prélèvement est très importante. Ainsi, un prélèvement mal réalisé peut entraîner des contaminations de l’échantillon (microbiologiques ou chimiques).
Une bonne représentativité de l’échantillon est par ailleurs indispensable :
lorsque la contamination est homogène, un prélèvement d’un seul échantillon peut parfois permettre d’identifier la présence de ce contaminant (en microbiologie, ce cas de figure est rare) ;
en revanche, lorsque la contamination est hétérogène, il sera nécessaire de multiplier les échantillons, avec des sous-échantillons pris en divers points, homogénéisés, etc. Même en suivant de façon minutieuse les règles d’échantillonnage, il est possible que l’échantillon constitué au final ne présente pas le contaminant pourtant présent dans le reste du lot.
Exemple : les contaminations microbiologiques, ainsi que les mycotoxines, sont connues pour présenter généralement une forte hétérogénéité. De même, des contaminations par le datura sont difficiles à mettre en évidence, il suffit qu’une farine de sarrasin soit contaminée par quelques graines de datura pour entraîner un risque grave pour la personne qui les ingère.
La représentativité de l’échantillonnage demeure cependant souvent faible dans la réalité. En raison de leur coût et de leur aspect « destructif » (c’est-à-dire que ce qui est analysé ne peut être commercialisé), le nombre d’analyses sur un lot est limité. Ainsi, les échantillonnages usuellement utilisés en agroalimentaire, y compris ceux prévus au niveau réglementaire, présentent une puissance statistique faible[5].
Exemple : pour beaucoup de dangers microbiologiques, le règlement CE 2073/2005 prévoit un échantillonnage minimal de « n=5 », c’est à dire 5 échantillons par lot avec 1 analyse par échantillon. C’est un échantillonnage peu représentatif lorsque les lots sont de taille importante. Le risque de ne pas détecter la non-conformité est élevé.
Limite des méthodes d’analyse
La probabilité de résultats « faux négatifs » (c’est-à-dire de ne pas détecter un contaminant dans un échantillon alors qu’il est présent) est liée à la sensibilité de la méthode employée.
Exemple : en microbiologie, il existe toujours un risque notable d’obtenir un « faux négatif » (limites de sensibilité des méthodes analytiques) et par ailleurs, l’analyse ne portant que sur une partie de l’échantillon prélevé avec une distribution hétérogène des pathogènes, la problématique de la représentativité de l’échantillonnage se surajoute.
Pour toute analyse, il existe de façon corollaire également un risque de résultats « faux positifs », lié cette fois à un manque de spécificité de la méthode d’analyse employée.
Exemple : un test de détection des entérotoxines staphylococciques peut être positif alors qu’il n’y en a pas dans l’échantillon analysé. Cela s’explique par des interférences entre le test et d’autres molécules (effectivement présentes dans le produit) que celle recherchée.
Ainsi, lors d’une démarche analytique portant sur un lot de produit, il existe un risque de ne pas détecter le danger recherché alors que celui-ci est présent. Ce risque augmente d’autant plus que :
la taille de l’échantillon est faible par rapport à la taille du lot considéré ;
le danger est présent en faible quantité ;
le danger n’est pas réparti de façon homogène dans le produit ;
le seuil de dangerosité est proche de la limite de détection ;
la méthode analytique est peu sensible ou présente des limites en fonction de la denrée analysée Exemple : les entérotoxines staphylococciques sont très difficiles à mettre en évidence dans des denrées riches en collagène.
Les limites de quantification et de détection permettent de préciser la valeur du résultat analytique. Les procédures d’échantillonnage prévues dans la réglementation pour les dangers chimiques tendent à prendre en compte ces limites.
Par ailleurs, toute méthode analytique quantitative est associée à une incertitude de mesure (IM) caractérisant la dispersion des valeurs qui pourraient raisonnablement être attribuées à la quantité particulière soumise à la mesure. Elle décrit le défaut d’exactitude (justesse et fidélité) qui peut être associé aux résultats d’une analyse découlant de la procédure analytique appliquée dans le laboratoire.
Par exemple, dans le contexte de la microbiologie quantitative, cette incertitude fournit une indication du degré de confiance pouvant être attribué aux estimations réalisées en laboratoire des nombres de micro-organismes dans les aliments. Cette IM comprend plusieurs composantes dont notamment :
l’incertitude de matrice (liée à la dispersion des micro-organismes au sein de la denrée) ;
l’incertitude liée aux techniques par comptage des colonies ;
l’incertitude de confirmation, associée aux essais visant à confirmer l’identité d’organismes spécifiques à la suite d’un comptage d’organismes présomptifs.
La norme EN ISO 19036:2019 "Microbiologie de la chaîne alimentaire - Estimation de l'incertitude de mesure pour les déterminations quantitatives" fournit une procédure pour estimer et exprimer l’incertitude de mesure (IM) associée aux résultats des analyses quantitatives de microbiologie alimentaire (méthodes conventionnelles et alternatives). Cette procédure harmonisée et complète peut être appliquée par les laboratoires de microbiologie alimentaire pour estimer l’IM associée aux résultats des analyses qu'ils fournissent.
Obligations concernant les méthodes d’analyse et de prélèvement dans le cadre des autocontrôles
Il est de la responsabilité de l’exploitant demandeur de l’analyse de s’assurer que les points ci-dessous sont respectés.
Échantillonnage :
les principaux textes réglementaires définissant des règles d’échantillonnage spécifiques pour certaines denrées et pour certains dangers sont cités dans le paragraphe dédié aux références réglementaires. Certains sont d’application obligatoire lors des autocontrôles. D’autres sont établis pour les contrôles officiels, mais leur application est recommandée pour les autocontrôles ;
lorsque la réglementation ne prévoit pas de protocole d’échantillonnage, l’échantillonnage choisi par l’exploitant devrait être formalisé dans une procédure, et l’exploitant devrait avoir un regard critique par rapport à sa représentativité pour la matrice et le contaminant considéré.
Critères de performance de la méthode d’analyse :
des méthodes d’analyses sont définies pour certains dangers dans les règlements de la Commission mentionnés dans le paragraphe de l’annexe dédié aux références réglementaires ;
une méthode alternative peut être validée par rapport à ces méthodes de référence et certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la Norme NF EN ISO 16140 (2003) ou la Norme NF EN ISO 16140-2 (2016) [6] ou à d'autres protocoles analogues reconnus au niveau international. Les méthodes validées par AFNOR Certification ou MicroVal répondent à ces exigences ;
ou une méthode interne peut également être validée.
Remarque : pour les prélèvements dans l’environnement (équipements, locaux), la norme ISO/DIS 18593 est utilisée comme méthode de référence.
Laboratoires :
l’accréditation du laboratoire pour l’analyse considérée est préférable mais n’est pas une obligation dans le cadre des autocontrôles ;
la participation à des essais comparatifs inter-laboratoires (Article L.202-3 du CRPM) est sinon nécessaire : « Les laboratoires réalisant des analyses d'autocontrôle dans le secteur alimentaire, doivent soit être accrédités selon la norme relative aux exigences générales concernant la compétence des laboratoires d'étalonnages et d'essais, soit participer à leurs frais à un processus d'essais de comparaison inter-laboratoires. Les analyses concernées et leurs conditions de mise en œuvre sont définies par décret [7]. Les résultats des audits pour les laboratoires accrédités et des évaluations réalisées dans le cadre des processus d'essais sont communiqués par les exploitants à l'autorité administrative sur sa demande ».
Contenu du rapport d’analyse :
le contenu d’un rapport d’analyse devrait être de bonne qualité. À ce titre, la norme NF EN ISO/IEC 17025 : 2017-12 prévoit notamment que le résultat soit rendu dans un rapport où figurent les éléments suivants : nom du laboratoire, nom et coordonnées du client, date de réception de l’échantillon, sa description, son état et son identification non ambiguë, sa date d’échantillonnage et de réception, date d’analyse, méthodes analytiques utilisées, certification(s)/accréditation(s) éventuelles pour les méthodes employées, résultats rédigés de façon rigoureuse et scientifique (avec mention des unités de mesures, des incertitudes -notamment pour les dangers chimiques, noms scientifiques des pathogènes recherchés, préférer le terme de « non détection » à « absence », etc.), ainsi que toute information supplémentaire requise par les autorités ou les clients ;
pour permettre au laboratoire de fournir un rapport complet, l’exploitant devrait indiquer clairement à son laboratoire toutes les données nécessaires concernant l’échantillon et les conditions de prélèvement, notamment la description de la denrée analysée (exemple : produit permettant la croissance de Listeria spp ou produit ne permettant pas la croissance des Listeria spp) et il devrait vérifier que ces informations ont été correctement reprises et sinon les faire corriger.
Lecture du résultat par l’exploitant :
il convient de comparer les résultats obtenus aux critères de sécurité réglementaires et non réglementaires définis dans l’ANNEXE X ;
l’incertitude analytique doit être déduite des résultats d’autocontrôles avant évaluation de leur conformité dans les cas suivants :
analyte (hors danger entrainant un risque de toxicité aiguë) dont les teneurs maximales sont définies par le règlement (CE) n°1881/2006 ;
substances pharmacologiquement actives pour lesquelles des LMR sont définies dans le Règlement (UE) n°37/2010 de la Commission du 22 décembre 2009 relatif aux substances pharmacologiquement actives et à leur classification en ce qui concerne les limites maximales de résidus dans les aliments d’origine animale et dans les règlements fixant des seuils, dans les denrées d’origine animale, de résidus d’additifs utilisés en alimentation animale.
Concernant les résidus de pesticides, pour évaluer la conformité au règlement (CE) n°396/2005, une incertitude de 50% peut être appliquée au résultat brut[8], excepté [9] :
pour les substances classées cancérigènes, mutagènes ou reprotoxiques de catégorie 1 (CMR-1[10]),
pour les substances ne disposant pas de valeur toxicologique de référence publiée par l’EFSA (à ne pas confondre avec les substances pour lesquelles la dose aiguë de référence – la DARf est indiquée « not applicable » compte tenu de l’absence de risque),
et lorsque la LMR et la DARf sont proches, un faible dépassement de LMR pouvant induire un risque toxicologique.
Pour les résidus de pesticides, il convient par contre de ne pas retrancher l’incertitude analytique en vue de la comparaison à la DARf.
Pour les autres situations, la possibilité ou non de déduire l’incertitude pour évaluer la conformité du résultat devrait être évaluée au moment de la rédaction des procédures de réalisation de cet autocontrôle par l’exploitant. En particulier, l’incertitude ne doit pas être retranchée des résultats d’autocontrôles lors de l’évaluation de la conformité d’un résultat pour les situations suivantes :
tous dangers engendrant un risque de toxicité aiguë pour le consommateur (exemples : alcaloïdes, biotoxines marines, histamine, etc.) ;
l’incertitude de mesures exprimée par le laboratoire est jugée inacceptable au regard des valeurs couramment atteignables (remarque : l’incertitude relative à un analyte indiquée par un laboratoire accrédité pour cet analyte est par principe considérée acceptable).
Par ailleurs, lorsque le résultat d’analyse est utilisé dans le cadre de la gestion de l’alerte pour évaluer la conformité d’autres produits par extrapolation (exemple : conformité des aliments ayant incorporé la denrée non conforme avant que cette non-conformité soit connue) ou pour faire des calculs d’exposition du consommateur, il convient de faire les calculs en retenant la valeur de référence la plus défavorable, c’est-à-dire le résultat d’analyse non conforme auquel est ajouté l’incertitude.
Modalités de prise en compte de la précision numérique du seuil réglementaire pour statuer sur la conformité du résultat d’analyse obtenu :
le résultat obtenu après retranchement de l’incertitude doit être arrondi en fonction de la précision du seuil réglementaire.
Exemple : Un résultat d’analyse indique une concentration de 1,50 mg/kg de mercure dans de l’espadon avec une incertitude de mesure de 0,48 mg/kg. La teneur maximale réglementaire du mercure dans l’espadon est 1,0 mg/kg (2 chiffres significatifs = précision au dixième et non au centième). Le résultat d’analyse après retranchement de l’incertitude (1,5 – 0,48 = 1,02) doit être arrondi au dixième c’est-à-dire à 1,0 mg/kg. Après retranchement de l’incertitude et arrondi, le résultat est donc égal à la TM et est donc conforme à la réglementation.
[1] Il est précisé ici « analytique » car il existe d’autres type d’autocontrôles. Cf. définition de l’autocontrôle en ANNEXE II.
[2] L’objectif des autocontrôles est de vérifier la conformité réglementaire du produit, il convient donc que l’exploitant choisisse des méthodes donnant des résultats comparables à ceux des méthodes officielles.
[3] L’article R. 202-21-2 du Code rural et de la pêche maritime prévoit que l’exploitant conserve les informations relatives aux autocontrôles ainsi que les résultats des analyses correspondants et les tienne à la disposition de l'autorité administrative pendant une durée de trois ans après la date de réalisation de l'autocontrôle ou du prélèvement.
[4] Situations où l’exploitant propose un plan d’échantillonnage avec une puissance statistique adaptée permettant de montrer qu’il n’y a pas de preuve que le lot soit dangereux (cf. point 6 de l’article 14 du Règlement CE n°178/2002 du 28 janvier 2002).
[5] Exemple : la saisine n°2007-SA-0174 de l’Afssa indique que si 10% d’unités d’un lot sont contaminées par Salmonella spp de façon homogène, si 5 unités de ce lot sont testées, il y a un risque de 60% que toutes les analyses soient négatives et que la contamination ne soit pas mise en évidence.
[6] Article 5. 5) du Règlement (CE) n°2073/2005 de la Commission du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires.
[7] Décret n° 2019-332 du 17 avril 2019 relatif aux conditions de mise en œuvre des analyses d'autocontrôle dans les secteurs alimentaire, des sous-produits animaux et de l'alimentation animale.
[8] https://food.ec.europa.eu/system/files/2022-02/pesticides_mrl_guidelines_wrkdoc_2021-11312.pdf
[9] Les propriétés des substances peuvent être consultées sur : https://ec.europa.eu/food/plant/pesticides/eu-pesticides-database/active-substances/?event=search.as
[10] Règlement (CE) 1272/2008 du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2008 relatif à la classification, à l'étiquetage et à l'emballage des substances et des mélanges.